Wyspa Flores leży w strefie klimatu równikowego – wilgotnego, o średniej temperaturze rocznej 25-27°C. Średnia temperatura na wybrzeżach to 30°C. Klimat jest wyjątkowo łagodny.

Przez większą część roku bez przerwy świeci słońce, również pora deszczowa ma wiele słonecznych dni. Największa ilość opadów przypada na miesiące grudzień, styczeń oraz luty. W pozostałe miesiące, czyli od końca marca do listopada mamy piękną słoneczną pogodę. W okolicach lipca i sierpnia, poza słońcem pojawia się wiatr, zatem wyjątkowa morska bryza, niemal wzdłuż całej wyspy, chłodzi upały.

W ciągu roku średnia temperatura powietrza na terenach nizinnych waha się w granicach 25-28 st. C oraz 20-23 st. C na terenach wyżynnych i górskich. Średnia względna wilgotność powietrza wynosi 70-90%, a średnie opady od 1 000-4 000 mm.

Na Flores, podobnie jak na Komodo można wybrać się przez cały rok. Zawsze jest ciepło i temperatura w ciągu dnia przekracza 26 st. C.