Ze względu na ich bliskość równika, wyspy mają ciepły, tropikalny klimat zarówno w sezonie suchym jak i deszczowym. Ze względu na bliskość wulkanu Rinjani na sąsiedniej wyspie Lombok i wulkanu Mount Agung na zachodzie na wyspie Bali, wysepki Gili są nieco osłonięte i rzeczywiście cieszą się nieco bardziej suchym mikroklimatem w stosunku do otaczającej archipelagu.

Pora deszczowa przypada na okres od listopada do marca, ale pada znacznie mniej niż na Bali. W pozostałe miesiące jest pięknie i słonecznie. Temperatury w zakresie od 25 °C do 35 °C, ze średnią roczną temperaturze około 28 °C.

Najwięcej turystów przybywa na wysepki w miesiącach lipiec-sierpień i grudzień-styczeń.